По умолчанию MongoDB обычно не имеет настройки ротации логов.
Это порой приводит к неприятным последствиям, особенно на арбитрах в реплике.
Обычно их устанавливают на разного рода микроинстансы с минимальным количеством
свободного места, так как основная задача арбитров следить за прохождением
выборов и место под хранение данных им нужно минимальное.

По умолчанию mongodb при вызове ротации логов просто переименовывает файл. Эту
ротацию можно вызвать прямо из консоли mongoclient:

    use admin
    db.runCommand( { logRotate : 1 } )

Это не совсем удобно для автоматизации, поскольку отсутствует механизм удаления
больших и старых файлов. Однако такой механизм присутствует в утилите
logrotate, которая имеется почти во всех популярных дистрибутивах Linux.

Для корректной настройки классической ротации логов с помощью logrotate.d.нам
потребуется немного исправить /etc/mongod.conf:

   systemLog:
       destination: file
       path: "/var/log/mongodb/mongod.log"
       logAppend: true
       logRotate: reopen

logAppend: true нам нужен с целью дописывания в конец файла, а logRotate:
reopen нужен для того, чтобы файл переоткрывался после ротации, т.к. мы будем
ротировать файл с помощью внешней утилиты logrotate.

Советую также обратить внимание на путь к pid-файлу демона mongod (секция
processManagement, опция pidFilePath), он нам потребуется позднее.

После исправления файла конфигурации не забудьте перезапустить MongoDB.

Теперь нам необходимо создать файл /etc/logrotate.d/mongodb со следующим содержимым:

    /var/log/mongodb/mongod.log
    {
        rotate 7
        daily
        size 1M
        missingok
        create 0600 mongodb mongodb
        delaycompress
        compress
        sharedscripts
        postrotate
                /bin/kill -SIGUSR1 $(cat /var/run/mongodb.pid)
        endscript
    }

Команда kill посылает сигнал SIGUSR1 процессу, id которого считывается из
/var/run/mongodb.pid (здесь должен быть путь из pidFilePath).

Протестировать данный файл достаточно легко:

   logrotate --force /etc/logrotate.d/mongodb