Не делай scandir, а читай имена файлов для обработки из STDIN. После этого заворачиваешь свой PHP во что-нибудь вроде

#!/bin/bash
ORIGDIR=/opt
CPUS=$(expr $(nproc) - 2)
TMPFILE=$(mktemp)
trap "rm $TMPFILE $TMPFILE.*" EXIT
find $ORIGDIR -type f > $TMPFILE
split -n l/$CPUS $TMPFILE $TMPFILE.
for LST in $TMPFILE.*
do
    wc -l < $LST &
done
wait
wait

Для примера обработки здесь использован wc. Количество параллельных процессов = число ядер-2 (пару ядер оставим для другой работы).