не поленился и скачал архив, check-setup.pl находится там же где и конфиг файл lightsquid.cfg. учитывая что файл проверки вызывается вот отсюда: /var/www/lightsquid

пруф
>root@debian:/var/www/lightsquid# ./check-setup.pl

значит и конфиг файл lightsquid.cfg и все остальное тоже должно лежать в /var/www/lightsquid. в результате, конфиг файл должен выглядит вот таким:
LightSquid:
#path to additional `cfg` files
$cfgpath             ="/var/www/lightsquid";
#path to `tpl` folder
$tplpath             ="/var/www/lightsquid/tpl";
#path to `lang` folder
$langpath            ="/var/www/lightsquid/lang";
#path to `report` folder
$reportpath          ="/var/www/lightsquid/report";
#path to access.log
$logpath             ="/var/log/squid";
#path to `ip2name` folder
$ip2namepath         ="/var/www/lightsquid/ip2name";
$graphreport=0;