Этот диск черепичный (я модель не гуглил)? Черепичные - эпическая подстава с просадкой по скорости.

> Пробег - 48637 часа

5 лет и полгода. Это много.

> Ошибок чтения - 2 обе на 42234 часу работы

Могло питание взглюкнуть в тот день. А может и правда что-то было в диске.

> smartctl -a /dev/sda
> тесты проходит без ошибок

Тесты - это что сейчас.

Ещё важна талица и разбор параметров. Вних что было раньше, какого именно рода были ошибки. Было reallocated sectors на запасные, например. Какая частота "штатных" corrections на лету. Перебрать все параметры из таблицы с документацией и поисковиком на перевес.

> dd if=/dev/urandom of=/dev/sda bs=1M status=progress

Размер 2M, вроде, оптимальнее по скорости. Но зависит, надо пробовать...

Т.к. не интересуют задержки от прочего железа из-за генерации рандомных данных (это замедляет), то лучше

sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=2M

а из соседнего терминала постреливать (в Linux варианте dd)

sudo killall -USR1 dd

Или status=progress

После 50% механич. диска скорость заметно падает. Это норма. К концу диска в норме до 50% (в 0.5 раза), насколько помню прошлое эникея. Это, конечно, никак не в 20 раз.

> работы диска нет. Есть мнение, что горение лампочки и тихая работа
> диска свидетельствуют о проблеме в механики - выходит из строя мотор
> вращающий блины.

Кроме мотора есть ещё привод головок - тоже механика.

Стрёкот создаёт метание головок между позициями на пластинах. А здесь идёт последовательная запись блок за соседним блоком без метания в разные места. Т.к. пишет простую реку данных в сектора подряд. Когда на диске файловая система и зпись в файлы, то пишет только на своб. место, раскиданное произвольно по диску и это метание слышно. Потому и тихо, что от dd льёт в сектора тупо по порядку номеров.

> Вирус вредит или диск дохнет?

Кабель данных, кабель питания, проблемы по мат.плате по питанию, сам блок питания Ок? Напряжения всюду на всех режимах больше 3.3В, 5.0В, больше 12.0 Volt??? Если меньше номинала на 0.3В, то повод задуматься, но ещё будет хватать. Если меньше номиналов на 0.5В, то паралельно проверить любого рода проблемы по питанию во всех компонентах (0.5 - это уже большое отклонение, ненорма).

Кабели данных нередко кучей есть новые...

Признаков вирусов тут точно нет. И в прошивку они точно не влезут.

5,5 лет - много для диска десктопа. Неповезло именно с этим или питанием/кабелями, скорее всего. Нужно разбираться с аппаратными параметрами. Не забывая про контроллеры на мат.плате (это они подключены к диску и тоже могут выбирать скорость).