> Если взять второй вариант конфига, xrandr -q не показывает все нужные?

Если сделать для второго конфига, то выдаст следующее:
Screen 0: minimum 8 x 8, current 1440 x 1080, maximum 16384 x 16384
VGA-0 disconnected (normal left inverted right x axis y axis)
DVI-D-0 connected primary 1440x1080+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 527mm x 296mm
   1920x1080     60.00*+
   1680x1050     59.95  
   1440x900      59.89  
   1280x1024     75.02    60.02  
   1280x960      60.00  
   1280x720      60.00  
   1024x768      75.03    70.07    60.00  
   800x600       75.00    60.32    56.25  
   640x480       75.00    72.81    59.94  
HDMI-0 disconnected (normal left inverted right x axis y axis)

Отличается вывод от вывода первого конфига цифрами 1440 вместо 1920 для первого конфига (в двух местах, в первой и третьей строчке вывода)