Преполагаю, знаю куда копать.

Есть https://www.freedesktop.org/wiki/Specifications/
В рамках этих правил софт общается через шину или ещё как.

И где-то есть код, который мьютит громкость, если система в локе.

Смотря что за софт, то софтину и настраивать. Вероятно, что это не аудио-подсистемы. Что-то кроме них шлёт в аудио-подсистему сигнал мьютить/размутить.

В пользу этого говорит независимость от Пульса или Пайпваре. А Алса себя ведёт, очевидно, как по дефолту поведение и фолбэк на более низкоуровневый компонент при отсутвии других средств.

В общем: видимо, какой-то софт умеет сообщать аудио-подсистеме уровень громкости, в нём эти числа и защиты, скорее всего. И это мог бы быть скринсейвер, например.