При отключённом AD1:

>> В /etc/resolv.conf прописаны IP обоих контроллеров - AD1 и AD2 (на них
>> одна и та же зона DNS)
> Надо точно быть уверенным считав на сервере dig MYDOMAIN.RU ANY
> Причем должны быть записи для dc2. Скорее всего samba не находит контроллер
> домена по DNS.

dig нормально отдаёт зону, причём отвечает именно AD2 (я его первым поставил в resolv.conf)

> Лучше смотреть wbinfo -t

Сделал - в ответ молчание :(
Эм... и что может быть?