> Я на 3850 прописал маршрут для своего ПК
> 10.43.79.2/32 via 10.3.0.130 и у меня вся сеть отвалилась

Закономерно, т.к. вы это правило добащили в таблицу маршрутизации, и оно значит "если поле 'Кому' совпадает с 10.43.79.2/32, то пересылать на 10.3.0.130".
А вам надо "Если поле 'От кого' совпадает с 10.43.79.2/32, то пересылать на 10.3.0.130". Собственно, принципиальная разница между классической таблицей маршрутизации и Policy Based Routing в том что по классике решение принимается только на основе поля dst_ip, а в PBR по какому-то ещё критерию. Например, на основе поля src_ip.

Конкретику вам уже всю объяснили выше по ветке, поздравляю.
Да, надо чтобы маршрут применялся не ко всем пакетам от 10.43.79.2/32, а только к тем которые идут в Интернет, т.е. не в локальную сеть.
И да, у фортигейта который VDOM ROOT надо чтобы был маршрут до 10.43.79.2/32 (или до всей 10.43.79.0/24) через Cisco 3850, чтобы ответы из Интернета вернулись куда надо.
И, конечно, предполагается что доступ в Интернет у VDOM ROOT есть свой.

> Про PBR читал, но опыта не хватает, чтобы определить не нагрузит ли
> она проц на моей 3850. Мнения разные.

Ну, вот он шанс попробовать и сей опыт обрести.
Заведите себе систему мониторинга и пусть она строит графики нагрузки проца и остального. Потом будете при случае расказывать "да, я делал так-то и получилось вот что".