> Абсолютно не требуется. Всего-то надо проверить size, mtime и хэш вложенных файлов
> (на случай если в переименованном каталоге изменились какие-то файлы) и качать только измененные.

Так это ни разу не всего-то, считать хеши всех подряд (ведь мы не знаем, что и куда было перемещено) файлов и держать даже сами хеши (всех-всех файлов в синхронизируемом каталоге и его подкаталогах) в памяти удовольствие совсем не бесплатное и экономия канала тут может вообще не оправдаться. Если какая-то редко нужная функциональность ухудшит жизнь тем кому она не нужна — нехорошо получится всё же.

Лезть на уровень ФС можно чтобы получить информацию о том что такой-то inode был отлинкован от одного каталога и прилинкован к другому (или что вообще тупо каталог был переименован), при этом данные самого файла не менялись. У rsync между запусками не хранится информация об обрабатывавшихся inode, поэтому ему неоткуда об этом узнать. Патч detect-renamed в каких-то ситуациях проблему решает, но не во всех и в комментарии к патчу прямо есть TODO с планами по доработке. В целом, он здраво выглядит, конечно, так что думаю что доделают то что в TODO (если это будет в приоритете, разработчиков-то мало) и замёржат. Но всегда можно наложить локально, если действительно так надо.

В любом случае, спасибо за информацию и пинок подробнее изучить код патчей из rsync-patches.