Это уже вопросы к владельцам FlatPak/Snap что подписывать, а что нет.

Microsoft сама malware не подписывает, но у них есть удостоверяющей центр, чтобы упростить задачу.

Сертификат, заверенный MS для подписывания (Windows signing certificate), можно купить за сколько-то баксов, не помню, вроде $200 в год, но, если вас MS поймает на распространении malware, его тут же отзовут.

Сумма вроде небольшая, но и немаленькая, чтобы script-kiddies не смогли.