Надо понимать что сам по себе kdenlive (а также shotcut) это, грубо говоря, обертки над фреймворком mlt. В kdenlive для финального рендера вообще запускается утилита melt из mlt. Фреймворк mlt по факту пилит один человек, он же автор shotcut. Спасибо ему за это (безо всякой иронии). Mlt в свою очередь для кодирования\дикодирования и манипуляции с видео и звуком опирается на библиотеки ffmpeg. На стыке mlt и ffmpeg, да и внутри самого ffmpeg, куча всяких трудновоспроизводимых проблем и дефектов. И "проблемы с AAC" могут иметь самую разную природу, начиная с того что исходные аудио-дорожки могут быть "кривыми" или "неудобными" для редактирования.

Отмечу также, что далеко не все "профессиональные" редакторы видео могут принимать на вход файлы практически произвольного формата. А kdenlive\shotcut практически всеядные (благодаря ffmpeg). Это в свою очередь позволяет организовать работу без перекодировки исходных данных. Что для любительского рабочего процесса очень ценно на мой взгляд.

Если хотите помочь диагностировать проблемы с ААС - идите в багтрекер mlt (https://github.com/mltframework/mlt/issues), описывайте детально проблему, предоставляйте тестовые наборы данных, будьте готовы дальше идти в багтрекер ffmpeg и уже там помогать исследовать и исправлять проблему.

> А как сделать фейд звука без разреза?

Есть фильтр volume - можно менять звук по ключевым кадрам.