>Мы примерно ещё в 90-х годах продумывали идею о том, что "должна" быть такая оболочка (программа, >конечно), которая на экране компьютера показывает настоящий трёхмерный стол с ящиками.

Возможно что ваша идея и понравилась бы любителем "столов", "оболочек" и "интегрированных сред".
Я таковым не являюсь,поэтому точно не оценю и использовать не буду.
Для меня программы - это отдельные сущности,которые обрабатывают наборы данных,которые могут храниться в том числе и в файлах(а могут быть доступны по проводам например). Файловый менеджер я н воспринимаю как какую-то "оболочку", это всего лишь одна из программ для манипуляций с файловыми наборами данных. Само по себе понятие "набор данных" - это из ЕС ЭВМ (там он и на ленте мог быть и даже на бумажной тоже:) В том числе поэтому я и не уверен что в предложенной вами идее "оболочки" надо так сильно завязывать визуализацию именно на файловой системе. В порядке идеи - а почему не визуализировать каким-то удобным способом процессы, работающие в оперативной памяти? Это в однозадачной системе типа ДОСа оно смысл не имело,а в многозадачной присмотр за содержимым памяти смысл имеет. А в линуксе что-то ничего удобно-интерактивно-графического на эту тему не видно - один
только текстовый top с не особенно удобным отображением информации. В графике обычно доступен
лишь какой-нибудь совсем примитивный "список задач" или открытых окон и всё.