>чем люди занимаются раз им так нужно часто лазить по каталогами и выискивать файлы?

Такие понятия как личная библиотека и личный архив возникли очень задолго до компьютеров. Раньше это хранилось в бумажном виде,сейчас - по большей части в виде файлов в компе.
Например моему архиву,по большей части связанному с темой электроники и автономной энергетики, уже три десятка лет. И храню я всё это в дереве каталогов файловой системы так как не придумал ничего лучшего. Соответственно для доступа использую файловый менеджер, опять же за неимением лучшего решения.
Насколько мне известно - такая же ситуация и у людей,много лет занимающихся научной работой.

К сожалению,далеко не все форматы файлов имеют предусмотренное место для хранения каких-нибудь метаданных, по которым можно было бы организовать сколько-нибудь автоматизированный поиск. И еще
реже встречаются _удобные_ средства добавления/редактирования этих метаданных даже к тем форматам где это технически возможно. Впрочем - наличие метаданных поможет разве что быстрее найти и выбрать нужное из архива, если эти метаданные сможет читать какой-нибудь продвинутый файловый менеджер. Саму необходимость существования файлового менеджера это не отменяет.

>одновременно сосуществовали cp1251, cp866, KOI-8, UTF-8).  

Они все и сейчас существуют пока хранятся созданные в этих кодировках документы. Также как существует например имперская орфография с "ятями" пока есть люди которым в силу рода деятельности или хобби надо читать старые документы и книги,пусть даже и хранящиеся на компе в виде сканов.

>В 90-х и первой половине 00-х таки да, не было быстрого инета,

Увы - вне сплошной многоэтажной застройки городов единственный способ подключения к интернету это сотовая связь так как тащить кабель куда-нибудь в частный сектор(не говоря про деревню) вам никто не будет. А у сотовых операторов трафик платный и ограниченный.
Да и качать большие объемы через неустойчивый радиоканал менее удобно чем скопировать с помощью материального носителя. Особенно если с человеком и так периодически лично встречаешься.

>люди обменивались файлами на дискетах, болванках, даже жесткие диски носили.

Сейчас носят флешки или иногда используют как флешку встроенную память планшета/смартфона если он
поддерживает режим подключения mass storage device. Да и портативные жесткие диски с подключением
через usb тоже не такая уж редкость.
Понятно что и тут для копирования используется не команда cp,а файловый менеджер.Потому что надо видеть что копируешь.

>Когда мне нужен терминал то он мне нужен больше как интерфес взаимодействия с программами, >навигация по файлам для меня второстепенна.

А меня вот прямо позавчера человек попросил найти хоть какую-нибудь информацию по внутренностям антикварного электронного девайса который он реставрирует. Пришлось перекапывать каталог в котором около тысячи файлов. Человеку негде больше искать нужную ему информацию кроме как у таких стариков как я - если ему самому тридцать лет,а реставрируемому девайсу сорок.