> А еще помойка нередко образуется в рабочем каталоге при любительском
> программировании какой-нибудь небольшой утилиты

Подстава с программированием в том что никогда не знаешь - закончится ли на мелкой утилите, или разовьется дальще - в не очень мелкую и более generic утилиту, а то и чуть не фреймворк... Поэтому тех кто совсем не думает о архитектуре и возможном будущем - ждет много сюрпризов. Неприятных.

> ради которой организовывать рабочий процесс "по науке" с системой контроля версий,
> отдельными каталогами для тестовых данных и тому подобным будет дольше и сложнее

Реально имплементация этого всего требует несколько минут. Самое сложное в этом - приучить себя к культуре работы. Детей отучают гадиться под себя, и вот тут что-то такое же. Просто раз в жизни осознать что гадиться под себя - не айс.

> чем просто её написать. Но при этом рядом с исходными файлами лежат и объектные и
> исполняемые отладочные логи и какие-нибудь тестовые данные и Бог знает что еще.
> Пока общее количество мусора не выходит за пределы первых десятков файлов - оно
> вполне приемлимо при использовании файлового менеджера.

Однако версионный контроль бывает полезен даже так. Благо гитом делается за пару команд, а потом зато позволяет undo явно неудачного набора идей, или экспериментальную экскурсию в сторону без уверенности что получится хорошо. Более того - я вот баг в DMA так замочил, найдя git bisect'ом коммит где я его вкатил. Попробуйте ЭТО вообще как-то по простому оттрекать. Вот так одним багфиксом - все затраты времени на освоение гита отбились, с запасом раз в 20. Позволив аннулировать контринтуитивный, сложный в дебаге баг - за 10 минут. А по другому это особо и не получится.