>> Подключаешся по VNC запускаешь  ..
> У клиента проблема с твоим протухтом - на 100500 серверах чёт глючит.

Нет. Проблема таки у Вас, причем не со знаниями нюансов, а восприятии целостной картины.

Для банального обновления как ПО, так и настроек по готовым шаблонам есть Web интерфейс, и он же для мелких настроек.

>>дать ему шелл-скрипт, который молча исправит всё.

Ага, это если 100500 одинаково глючных серверов, то так прокатит.
А если они разные, но надо в однотипную ошибку исправить, или частично обновить и настроить, не портя остальное, то обычная шелл-портянка не очень вариант. Шаблон для сервиса обновлений удобнее и лаконичнее, а можно автоматизировать. Плюс надо предусмотреть откат изменений.
Кстати, как то тестировать после вмешательства 100500  серверов не планируется?
Поэтому, сервис обновления и настроек надёжнее на практике.

Но откуда возьмутся скрипт или шаблоны настроек? Бывает, что самое оптимальное подключиться к "боевоему" контроллеру, поработать удаленно, по результатам сделать обновление для остальных.

Если речь о каком нибудь web сервере или несложном приборе, то можно работать и через консоль, и более того, никакой VNC тут даром не нужен.
А если что то посложнее, и канал связи позволяет, ради чего мучиться.
И если в принципе нужны графические данные, то тут только через VNC или Web возможно.
Но, для Web надо все переписывать или писать с нуля, а в десктопном окружении можно воспользоваться готовым ПО. Вот и всё.