1. Что такое альтернативный веб клиент? Если это один проект, то следует задать вопрос его создателям каким образом в проекте не учитывается отсутствие элемента. Если ваш JS нацелен на наличие этого элемента а его нет, то что тогда?

2. Вы всегда имеете жесткую иерархию элементов. DOM - это жесткая иерархия. Если вы ее создали то вы на нее можете опереться. Тем не менее, методы обращения к элементам без иерархии в Pusa ничем не отличаются от нативного JS только запись короче и не нужен JS :)

DOMBody() -> DOMSelect('myelement');
document.getElementsByClassName( 'myelement' );

3. Я вынужден еще раз уточнить, почему вы делаете различие между мобильными клиентом и каким либо иным. Это всего лишь DOM, управление которым находится в ваших руках.

4. Pusa[3][1].Values.innerHTML - подробнее, это двумерный массив в котором лежит некий элемент Values? Если да, то Pusa не работает в JS. Или ваш пример о чем то другом? Плс...

5. Сравнение спецификаций WebAPI не очень. Предлагаю общностями не оперировать. Только конкретика показывает проблемы и позволяет их решить.

6. Copy() функция копирования будет вычищена из родительского проекта и добавлена в Pusa (код pusa.js возможно уменьшится...).
Copy() положит выделенный контент в буфер. Касательно соединения, обратите внимание на это: https://gitlab.com/catlair/pusa/-/blob/main/site/pusa/src/la... это.
Pusa умеет делать своеобразные "замыкания", которые не требуют обращения к back:

$this -> DOMSelect('CopyButton')->EventFront( $this -> Clone() -> Copy() );

Это красиво :)

7. Повторюсь. Бэк не в курсе как устроен DOM. Бэк обладает набором последовательных инструкций. Как они сложатся в DOM - проблемы браузера а не бэка. Те все то же самое как и в вашем примере, только нет лишнего средства JS.

8. Касательно сообщений и оконного интерфейса. Документацию пишем усиленно НО с тем как это устроено можете ознакомится https://gitlab.com/catlair/pusa/-/blob/main/php/web/win.php. Там и попапы, и диалоговые окна и прочий оконный ифейс с минимизациями максимизациями. Это так же красиво.

С благодарностью ожидаю конкретных кейзов закатающих Пусу.