12309. Баг довольно давно известный и фиксится разными способами. Из геморройного — наложение патчей типа le9, из менее — установка значений vm.dirty_bytes и vm.dirty_background_bytes меньше дефолтных, например 4194304 (прописывать в /etc/sysctl.conf, применять перезагрузкой или sysctl -p).

Работает это из-за кривой реализации работы с дисковым кэшем, которая очень тормозит именно на медленных носителях (возникает race condition по-моему, — короче, очень медленно сбрасывается кэш записи на устройство). Мы уменьшаем размер дискового кэша, не давая ему набиться аж под 10% ОЗУ, и он чаще сбрасывается на диск.