У NT6 и выше отличная архитектура, а обилие костылей старых связано с тем, что это коммерческая система, которая не может себе позволить выкинуть поддержку старых приложений просто чтобы удовлетворить чувство прекрасного отдельного (и видимо не очень компетентного, судя по твоим словам) разработчика (?). Видишь ли, за пределами линуксового мирка люди пользуются ОС для запуска нужных приложений, и чем больше этих приложений будет, чем дольше будет поддерживаться их работа, тем более конкурентноспособной будет ОС.