Разработчик лучше знает как собирать, на то он и разработчик. То, что в Linux разработчик не знает что ему в систему может засунуть очередной Шигорин и есть результат фрагментации платформы Linux. А Шигорин, малото того, что основную систему соберёт немного не так, как в ещё 100500 дистрибутивах, так ещё и прикладной софт пропатчит и соберёт нестандартным образом. Именно поэтому у каждого пакета обычно есть две разные версии - самого софта и самого пакета. Именно поэтому только в Linux у поставляемого софта бывают пакетоспецифичные баги, с оригинальными разработчиками никак не связанные.