> когда программа должна компилироваться с разными версиями библиотек, иногда с изменившемся API

В Раст принят semver и это большой плюс. Но ни что не мешает вам версионировать как вздумается, главное в публичный доступ этот позор не выкладывайте.
>или вообще с разными библиотеками делающими одно и то же но по разному и с разными опциями компиляции.

опции компиляции задаются https://doc.rust-lang.org/cargo/reference/features.html
также позволяются билд-скрипты (написанные на Раст! а не 100500 различных утилит и башскриптов) https://doc.rust-lang.org/cargo/reference/build-scripts.html

Зря вы так. cargo очень хорошо документирован, единообразен и допиливается умными людьми.