>[оверквотинг удален]
> $sa_tag2_level_deflt = 6.31; # add 'spam detected' headers at that level
> $sa_kill_level_deflt = 6.31; # triggers spam evasive actions
> $sa_dsn_cutoff_level = 10;   # spam level beyond which a DSN
> is not sent
> $final_virus_destiny      = D_DISCARD;  # (data not
> lost, see virus quarantine)
> $final_banned_destiny     = D_DISCARD;
> $final_spam_destiny       = D_PASS;
> $final_bad_header_destiny = D_PASS;     # False-positive prone (for spam)
> Спасибо за любую помощь!

Вот, получилось решить, если кому-то интересно, может кому-то время сэкономлю.

Если Вы используете виртуальные домены, то amavis напрямую нужно указать, что они являются локальными. Тогда он будет вставлять заголовки и проверять на спам письма.
/etc/amavis/conf.d/50-user добавил:

@lookup_sql_dsn = (['DBI:mysql:db_name;host=127.0.0.1;port=3306', 'user', 'passwd']);
$sql_select_policy = 'SELECT domain FROM domains WHERE CONCAT("@",domain) IN (%k)';

Всем спасибо за помощь!