>[оверквотинг удален]
>    .......
>
> Как вести разработку условно общей части этого проекта в который не должны
> входить все директории в INSTANCE/, а эти директории были бы как
> отдельные подпроекты? Чтобы при клонировании общего проекта, не переносились бы данные
> всех подпроектов из INSTANCE/*, а их бы уже отдельно разворачивал что-то
> типа:
>

cd INSTANCE/ 
> развернуть INST_1 # и в INSTANCE/ появилась бы вся поддиректория INST_1

> Извините, что коряво, но как сумел объяснил :)

Если тебе именно инстансы одного и того же надоть и не ветки, то тут скрипт писать в INSTANCE, который будет клонировать требуемое.