>есть идея как-то перехватывать его пид и ставить на паузу контроллирующий скрипт,
>после чего килять

Да.

$ cat <<TMR >tmr
#!/bin/sh

( sleep 5; kill $$ ) &

echo $$
ps -H

for((i=0; i<10; i++)) do
  echo "$i..."
  sleep 1
  done
TMR
$ chmod +x tmr
$ ./tmr
3302
  PID TTY          TIME CMD
15186 pts/13   00:00:04 bash
3302 pts/13   00:00:00   tmr
3303 pts/13   00:00:00     tmr
3304 pts/13   00:00:00       sleep
3305 pts/13   00:00:00     ps
0...
1...
2...
3...
4...
Завершено
$ _

В coreutils присутствует timeout(1). А ещё есть timelimit (http://devel.ringlet.net/sysutils/timelimit/).