>>  if(/$p/)
> а перл нормально к таким подстановкам относится? В смысле спецсимволы дополнительно экранировать
> не надо?

Скорее всего в этом и проблема, но как эту ситуацию обработать я не знаю.

> и если про поиск, то почему не выбрать все ссылки из файлов
> сразу, а потом сравнивать два массива?

Не вижу в этом смысла.