В перле можно сварить весьма крутые, и в тоже время весьма простые регексы. Но! Нужно точно знать может быть на входе с возможными вариантами. От этого и плясать.

У мну свой чистильщик/парсер конфигов апача где то валяется. Я там делал немного по другому. Я сначала приводил конфиг к некоторому общему виду (удалении пустых строк и коментов, склеивание многострочных разбивок директив, удалении трейлинг/лединг пробелов, приклеивание инклудов  и тд). На выходе у меня получался конфиг в заложенном МНОЙ гарантированном стандарте. А далее для парсинга использовал примитивнейшие правила, ибо четко знал что на входе. Получилось в итоге два разработчика в конвейере - но они оба простые и понятные.

И еще. Многи кто начинает работать с регулярками делают одну существенную ошибку - смотрят на регулярки как на шаблоны поиска, что в корне не верно. Регулярки это суть макрос для настройки алгоритма поиска.