>Apache просит ввести ключевую фразу, которую я вводил при создании сертификата.
>Можно ли этого избежать, и насколько безопасно хранить ключи нешифрованными с помошью
>этой фразы.

openssl rsa -in server.key -out server.key.new
или
openssl dsa -in server.key -out server.key.new
в зависимости от типа ключа, затем server.key.new переименуй в server.key

>После
>make
>make certificate
>make install
>при запуске Apache через apachectl startsll
>Apache просит ввести ключевую фразу, которую я вводил при создании сертификата.
>Можно ли этого избежать, и насколько безопасно хранить ключи нешифрованными с помошью
>этой фразы.

SSLPassPhraseDialog exec:/path/cert.pl
в хттпд.конф

cert.pl:
#!/usr/bin/perl
print "paraphase\n"

Либо на шелле тоже самое написать...