Ну и как совсем тупой вариант: аннотация.
Для каждого документа пишется аннотация(ну т.е. о чем идет речь в документе) на пару абзацев. Поиск осуществляем по аннотации, т.е. где то 1000 байт на 1 документ.
Ну и раз придется перебрать все документы, то заодно сделать каталогизацию(сложить документы по каким нибудь критериям: документы бухгалтерии, документы отдела кадров, судебные решения и.т.д).
Здесь уже просто поиск по базе данных и интерфейсы для операторов, которые будут заниматься вводом данных.