А пройтись по коду системы единоразово и исправить все некорректные места - это не вариант?
Я так делал при переводе своего кода, который был на 5.4 сделан, а я решил перейти на 7-ую ветку. Ничего, посидел, включил вывод ошибок в лог и просто поочерёдно исправил все затыки.

>[оверквотинг удален]
> bib1io@bib1io-server:~/php-4.3.11$ sudo make install
> [sudol password for biblio:
> make: *** No rule to make target 'install'. Stop.
> bib1io@bib1io-server:~/php-4.3.11$
> Тут на форуме нашел похожую проблему с "./configure: lex: not found", которую
> решили так:
> /usr/bin/lex
> #!/bin/sh
> exec /usr/bin/flex -l "$@"
> Но у меня нет таких файлов.