> Куда копать, чтобы избавиться от варнинга? может как-то его в конфиге можно
> отключить?

вместо этой конструкции

<IfModule mod_authz_host>
    Require all denied
</IfModule>
<IfModule !mod_authz_host>
    Order allow,deny
    Deny from all
</IfModule>

попробуй эту:

    Order allow,deny
    Deny from all

----------------

Следующие папки не должны быть доступны из сети:

    bin
    conf
    data
    inc (хотя не особо и опасно)