>[оверквотинг удален]
>>> date.timezone = "Europe/Moscow"
>> http://habrahabr.ru/post/240937/
>> Если собран с опцией --with-system-tzdata то использует системную, если нет — то
>> нужен модуль timezonedb
>> pecl install timezonedb
>> echo "extension=timezonedb.so" > /etc/php5/conf.d/timezonedb.ini
>> # или, если уже было установлено
>> pecl upgrade timezonedb
> О! теперь чтоб правильно шло время надо подключать стороннюю библиотеку! Шикарно!
> а опции в --with-system-tzdata в конфигураторе нет

Ты еще в mysql не делал set time_zone = 'Europe/Moscow'
Попробуй, порадуйся.