Вы сильно путаетесь в показаниях.

это
> Проблема заключается в том, что пинги проходят, а вот остальной трафик нет.

противоречит этому:

> При этом, в удаленной подсети поднять прокси сервер, через который пользователи локальной
> подсети юзают инет и у них все работает.

Либо ВЕСЬ трафик режется кроме пингов, либо режется только один порт.

Что такое 192.168.90.5  из трасерта?

Выполните в локальной сети обращение к 3389 порту удаленной сети и посмотрите на шлюзах был ли пакет туда и обратный.

Гдето на каком-то участке он потеряется...там и проблема