У apt-mirror на самом деле много больше сюрпризов. Им сделанное зеркало может сломаться во многих случаях:
1. На источнике рассинхронизированы InRelease и Release файлы
2. На источнике удалили InRelease или Release файл, а раньше они были уже зазеркалированы
3. Как ты написал - любой сетевой сбой не приводит к ошибке приложения, но приводит к сломанному зеркалу
4. Если в источнике убраны хеш суммы md5 - новые файлы пула качаться не будут.
5. Если в источнике нет архивированных метаданных, то он не зазеркалируется
6. Если файл пула был скачен не правильно, он не перекачается пока ты его не удалишь
7. Если не используешь недокументированную опцию _unlink - в 100% случаев получишь сломанное зеркало на время обновления
...