> Проблема в том, что параметр 'cloud-init.user-data' может быть только один для всех применяемых профилей настроек к контейнеру, так как это концепция такая каскадная перекрывать параметры предыдущих параметров.

Поддерживаю. Это серьёзный недостаток, сильно уменьшающий полезность cloud-init. Сам искал способы определить несколько конфигов cloud-init в разных профилях и наткнулся на то же самое… Хотя казалось бы, такая возможность звучала бы логично, она прямо таки напрашивается.