У фряхи своё ABI и свои системные вызовы, исполняемые файлы не смогут работать под линуксом даже в теории. Тебе нужно заменить все пакеты и перезагрузить систему, если всем этим занимается apt и он со всеми вызываемыми им утилитами собран в независимый от текущей инсталляции бандл, то это осуществимо. Только чем насиловать пакетный менеджер странным (удаление всех файлов с диска), намного проще взять busybox и удалить все файлы с диска им, после чего распаковать stage4 или его аналог им же, поправить загрузчик и перезагрузиться. Лучше сделать это на этапе до запуска инита, чтобы избежать лишних проблем. Достаточно простенький скрипт в загрузчик положить, который установит тебе дистрибутив с фряшным ядром.