Так и в Rust никто не заставляет использовать cargo. Можно использовать apt, или вообще вручную пакетики тягать. cargo -- это лишь дополнительный инструмент, который позволяет избежать всё той же самой ручнорй работы. cargo ничего не меняет в вопросе зависимостей, а лишь предлагает автоматически скачать то, что требуется написанному коду. Но утилита абсолютно опциональная. Иными словами cargo не имеет отношения к вашей изначальной претензии.

Посему повторюсь: так а в чём принципиальная разница в не любимых вам зависимостях с, например, C++?