какой ужас, да, руками надо что-то делать, аж раз в году.

Если вам дороги ваши данные (или данные ваших пользователей) - ни в коем случае не делайте ничего руками, надо все доверить кривым скриптам, написанным альтернативно-одаренными, желающими осчастливить человечество.
Даже когда они явно вам демонстрируют свои охренительные умения как писать скрипты, так и вообще использовать технологию (как будто сразу было непонятно) - все равно продолжайте этим пользоваться.

Единственная полезная ниша для летсэнкрипта - это создание шума - чтобы то, что на самом деле стоит прятать, не выглядело заметным на фоне тонн обычного порнотраффика, "зашифрованного" только потому, что ну вот же галочка, и "оно же бесплатно". За это им, конечно, особое спасибо.

Для всего остального есть либо платные (если ваш проект приносит какие-то деньги - никакого ужаса в этом нет) либо собственные сертификаты (если у вас тыща виртуалок, пошифровать все не "хочется", а "есть серьезная прична", нет никаких поводов не завести свой CA - в котором лично ты будешь уверен, что он не подарит свой ключ левым людям).
Ну и startssl для ограниченного числа хомячков, где протухание сертификата не является катастрофой, просто мелким разовым неудобством, за избавление от которого нет смысла платить.