>> наверно кроме как ручного труда, подсказать вам нечего. если пользователей выцепить из
>> ад не проблема, то выдать на папки (в linux) права в
>> соответствии с теми что были на венде, централизованно, наверно почти невозможно.
> Может быть можно как-то виндовые ACL перетащить на linux?

Подобную задачу решали с помощью Total Commander (ставя галочку "копировать права доступа") и виндовой xcopy.