Похоже удалось найти условия при которых идет такое торможение.
Вот такое:
#include "stdio.h"
#include "stdlib.h"
#include "time.h"
void main(int argc, char *argv[])
{
int fsize=40000000;
int i=0;
FILE *to;
char str[]="0123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890";
time_t start, end;
double diff;
time(&start);
to=fopen(argv[1], "w+");
for(i=0; i < fsize/100; i++)
    {
        fprintf(to, "\n%7d-%s",i, str);
    fflush(to);
    }
fclose(to);
time(&end);
diff=difftime(end,start);
printf("\n \t time_diff =  %.2lf", diff);
}

при запуске c путем к файлу на samba на linux (test.exe \\linux_server\temp\test.txt) выполняется ~35 секунд.
А если файл на старой win2k3 машине - 3 секунды !!!!