> Имеется
> ubuntu server
> squid3 установленyый из портов

мы должны гадать _какой_ ubuntu server ?
в 12.04 ncsa_auth есть искаропки
в 14.04 нема

> но вот по пути /usr/lib/squid3 отсутствует ncsa_auth
> ответов вразумительных я так и не нашел.
> что-то говорят об сборке вручную с параметрами...

правильно грят
сырцы в руки и ./configure --help в помощь