> Будем получать квалифицированную ЭЦП. В нормальной ситуации с ssl я генерирую закрытый
> ключ, делаю csr и получаю открытый ключ.
> А как обстоит дело с этим в нашем ЭЦП?
> По телефону дали понять что все делается в УЦ на их оборудовании.
> На вопрос о закрытом ключе толком ответить не могут.

Ты и только ты, всегда сам, должен создавать приватный ключ. Публичную часть ключа, с распечаткой, подписью и печатью несеш им лично для удостоверения что это ты. Удостоверяющий центр подписывает только публичную часть ключа.

Если удостоверяющий центр скажет давайте мы за вас создадим приватный ключ не соглашайтесь - это развод лохов.

Для РФ генерил в КриптоПро которое завилось только под виндой, версия под GNU/Linux не работала (8 лет назад).