Тогда не понятно - зачем при установке был создан cron, если инсталятор создал
/etc/systemd/system/timers.target.wants/certbot.timer -> /lib/systemd/system/certbot.timer
---
[Unit]
Description=Run certbot twice daily

[Timer]
OnCalendar=*-*-* 00,12:00:00
Persistent=true

[Install]
WantedBy=timers.target
---