> Оказалось, команды три (Bash, BSD, GNU), и две с одинаковым именем (у
> BSD и GNU), и из двух с одинаковым именем одна только
> работает с длинными именами - https://stackoverflow.com/questions/402377/using-getopts-to-...

О как.

>> Когда я путаюсь в аргументах своих скриптов, то начинаю задавать параметры через
>> переменные окружения.
> Глобальные переменные в коде труднее проследить.

Смотря как использовать.
Если читать переменные окружения из тех мест где понадобится (откуда попало), то да.
Если их считывать, проверять на достаточность и непротиворечивость, выставлять все необходимые внутренние флаги в самом начале выполнения, примерно там-же где иначе проводился бы парсинг аргументов, то разница незначительна.

> Цель - разворачивать конфигурацию на минимальной системе.

Можно задавать переменные окружения в отдельном конфигурационнном файле и вызывать его из скрипта.
Можно генерировать уникальный скрипт для каждого развёртывания, с конфигурационными переменными в его-же начале и повторяющемся телом. Не забывая все валидации и проверки при выполнении.

Подобную задачу решаем. Типичное выполнение в 2 приёма. Сначала по SCP заливаем несколько файлов, потом по SSH запускаем выполнение. Пишем лог на удалённой машине и паралельно ловим STDOUT от SSH. Например, скрипт первым делом проверяет, на правильной ли машине его запустили и ругается если не. Вообще, 90% кода может быть проверками. Такой недо-Ansible без зависимостей.

Это не столько конкретный совет для вашего случая, сколько опции которые могли бы подойти.